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1. 使用'fastx-utils partition' 对序列进行分拆，多进程执行，提高cpu利用率，可有效支持集群模式； 2. 可增加很多辅助操作，将生成的文件直接转换成excel文档； 3. 按照自己常用需求调整默认参数，减少命令行提交复杂度； 三、最后 biostack 提供定制小封装服务, 如有需求请联系微信号： biostack february 26th, 2018 | tags: pipe | category: howto | comments are closed ncbi taxonomy 数据库更新，提供lineage、host信息 我们分析 metagenome 数据离不开使用ncbi的 taxonomy 数据，ncbi taxonomy 提供了一棵物种树，其实每个节点（node）都分配了一个数字标识符，可以唯一描述一个系统分类信息。 ncbi taxonomy 数据库提供了一个 taxdump.tar.gz , 并记录了节点的描述信息（ names.dmp ）以及树的上下游信息（ nodes.dmp ）， 刚刚发布的更新版本提供了额外的lineage信息（ rankedlineage.dmp ） 以及 host 信息。 另外ncbi已经不再给strain水平分配这种数字标识符，所以ncbi taxonomy 提供了 typematerial.dmp 文件用于关联种和菌株(strain)的映射关系。 利用新的数据库我们可以很容易对一些短序列分类器进行注释， 常用的操作如下： 1、 格式化数据库，一般可以使用 tsv-utils cut -f1,5 fullnamelineage.dmp | sed 's/ $//' >fullnamelineage.db cut -f1,5 taxidlineage.dmp | sed 's/ $//' >taxidlineage.db cut -f1,3 host.dmp >host.db 2、 典型使用场景 下面以kraken为例子，介绍如何格式化为有效信息， kraken的结果： c e00552:27:hj2jyalxx:4:1101:5233:1801 435590 203 816:40 435590:21 a:31 435590:13 0:53 435590:10 0:5 u e00552:27:hj2jyalxx:4:1101:5781:1801 0 252 0:116 a:31 0:75 四列组成： 第一列： 序列分类标识符， c为分类，u为未分类 第二列： 序列id 第三列： 命中的ncbi taxonomy 数字id，未命中为0； 第四列： kmer匹配的信息；比如： 816:40，40个kmer匹配taxonomy id 816; 现在可以生成一个关于序列分类的列表： e00552:27:hj2jyalxx:4:1110:28615:27257 12509 vertebrates,human \ viruses; dsdna viruses, no rna stage; herpesvirales; herpesviridae; gammaherpesvirinae; lymphocryptovirus; human gammaherpesvirus 4; 通过执行下面命令问题就解决了： grep -p ^"c" gy.txt \ | cut -f2,3 \ | tsv-utils definition -c 2 fullnamelineage.db - \ | tsv-utils definition -c 2 host.db - \ >gy.taxonomy.tsv february 24th, 2018 | tags: knowledgebase | category: uncategorized | comments are closed 毒力因子注释protocol：vfdb数据库 一、毒力因子 毒力因子（ virulence factor ）， 详细介绍参见 维基百科 virulence_factor 页面， 细菌、病毒、真菌等生成的分子，并产生毒力（主要有侵袭力和毒素等），包括： 1. 在宿主定殖 (colonization），黏附在宿主消化道、呼吸道、生殖道、尿道及眼结膜等处，以免被肠蠕动、黏液分泌、呼吸道纤毛运动等作用所清除 2. 免疫逃避，逃避宿主的免疫应答 3. 免疫抑制，抑制宿主的免疫反应 4. 进入和退出细胞 5. 从宿主获得营养 毒力因子可编码在可移动遗传元件（比如质粒、基因岛、噬菌体等）上并进行水平基因转移（传播），使无害细菌变成危险的病原菌，所以在鉴定毒力因子时一般会考虑： 基因岛、分泌蛋白等。 二、病原菌毒力因子数据库 vfdb 毒力因子数据库 vfdb 由中国医学科学院研发，被广泛应用于毒力因子基因鉴定。 vfdb收集了包括30个属（ 74个病原菌）的细菌毒力基因序列信息。 vfdb提供了对应的毒力基因核酸和蛋白质序列信息，因此鉴定毒力基因最简单的办法就是序列比对（blast）, 2.1 数据库预处理 数据预处理需要以下几个步骤： vfdb的元信息可以通过序列文件以及提供的描述文件获得： >vfg000676(gb|aad32411) (lef) anthrax toxin lethal factor precursor [anthrax toxin (vf0142)] [bacillus anthracis str. sterne]` 1、格式化序列文件，只保留毒力基因编号 vfg000676 并获得 vfg000676 -> vf0142 映射关系； 2、格式化序列库； 3、预处理vfdb的数据库描述信息： vf_name -> acinetobactin vf_fullname -> - bacteria -> acinetobacter baumannii characteristics -> - structure -> an iron-chelating molecule composed of equimolar quantities \ of 2,3-dihydroxybenzoic acid (dhba), l-threonine, and n-hydroxyhistamine function -> high-affinity catechol-hydroxamate siderophore competing with host cells for iron mechanism -> - keyword -> iron uptake; siderophore vfid -> vf0467 这里我们比较感兴趣应该是： vfid列和keyword列， 需要格式化成： vfid keyword 映射关系； 4、序列比对 5、keywords注释 2.2 vfdb 注释protocol 综合以上我们使用命令行实现如下： vfdb-fmt vfdb_seta_pro.fas.gz >vfdb_seta.pep makeblastdb -in vfdb_seta.pep -dbtype prot -out vfdb_seta -title vfdb_seta blast-pipe -d vfdb_seta -c 40 a189.faa a189 blast-utils hits -i 30 a189/align/blast.tsv | blast-utils best_hsp - >a189.vfdb.tsv tail -n +3 vfs.txt | tabtk cut -r -f9,8 vfs.txt >vfdb-keyword tail -n +3 vfs.txt | tabtk cut -r -f9,6 vfs.txt >vfdb-fuction zgrep '>' vfdb_seta_pro.fas.gz | vfdb-tab | cut -f1,6 >vfdb-map tsv-utils definition -c 2 -t "vf" vfdb-map a189.vfdb.tsv \ | tsv-utils definition -c 3 -t "fuction" vfdb-fuction - \ | tsv-utils definition -c 3 -t 'keyword' vfdb-keyword - >a189.vfdb-ann.tsv tsv-utils tsv2xlsx a189.vfdb-ann.xlsx vfdb:a189.vfdb-ann.tsv 如果数据库格式化好了其实只需三步： blast-utils hits -i 30 a189/align/blast.tsv | blast-utils best_hsp - >a189.vfdb.tsv tsv-utils definition -c 2 -t "vf" vfdb-map a189.vfdb.tsv \ | tsv-utils definition -c 3 -t "fuction" vfdb-fuction - \ | tsv-utils definition -c 3 -t 'keyword' vfdb-keyword - >a189.vfdb-ann.tsv tsv-utils tsv2xlsx a189.vfdb-ann.xlsx vfdb:a189.vfdb-ann.tsv february 24th, 2018 | tags: annotation , protocol | category: howto | comments are closed 生物信息数据工具封装：序列比对之blast-pipe 一、前言 为了生物学家更加容易使用命令行模式的生物信息工具，在数据分析流程集成工具水平下我们设计了 “小封装” 模式，即封装一些常用的几个工作步骤，尽量使用优化后的默认参数，整个小封装依赖实现的 “tool-utils” ， 比如 blast-utils 、 fastx-utils 、 tsv-utils 、 sam-utils ， 这些小程序一般都是 c语言 实现的高性能应用。 二、blast-pipe介绍 小封装 blast-pipe 目的就是解决序列比对blast的提交任务， 命令行接口： $blast-pipe program: blast-pipe: blast submit and parse protocol. version: 0.0.1 contact: zhang lei <[email protected]> usage: blast-pipe [options] <sequence> <project> options: -t str blast type. blastx|blastp|blastn, default [blastp], for special task, can do like this: 'blastn -task megablast' -c int cpu number, default: [56] -e double set evalue cutoff, default: [1e-10] -i double set identity cutoff for filter, default: [0

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Domain Name: BIOSTACK.ORG
Registry Domain ID: D179020149-LROR
Registrar WHOIS Server: whois.publicdomainregistry.com
Registrar URL: http://www.publicdomainregistry.com
Updated Date: 2016-11-10T11:32:06Z
Creation Date: 2015-12-31T03:04:52Z
Registry Expiry Date: 2020-12-31T03:04:52Z
Registrar Registration Expiration Date:
Registrar: PDR Ltd. d/b/a PublicDomainRegistry.com
Registrar IANA ID: 303
Registrar Abuse Contact Email: [email protected]
Registrar Abuse Contact Phone: +1.2013775952
Reseller:
Domain Status: clientTransferProhibited https://icann.org/epp#clientTransferProhibited
Registry Registrant ID: C171090177-LROR
Registrant Name: lei ZHANG
Registrant Organization: shanghailuojiexinxikejiyouxiangongsi
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Registrant Postal Code: 200000
Registrant Country: CN
Registrant Phone: +86.13611933136
Registrant Phone Ext:
Registrant Fax:
Registrant Fax Ext:
Registrant Email: [email protected]
Registry Admin ID: C171090177-LROR
Admin Name: lei ZHANG
Admin Organization: shanghailuojiexinxikejiyouxiangongsi
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Admin Postal Code: 200000
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Tech City: shanghai
Tech State/Province: shanghai
Tech Postal Code: 200000
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Name Server: F1G1NS1.DNSPOD.NET
Name Server: F1G1NS2.DNSPOD.NET
DNSSEC: unsigned
URL of the ICANN Whois Inaccuracy Complaint Form: https://www.icann.org/wicf/
>>> Last update of WHOIS database: 2018-04-17T20:26:44Z <<<

For more information on Whois status codes, please visit https://icann.org/epp

Access to Public Interest Registry WHOIS information is provided to assist persons in determining the contents of a domain name registration record in the Public Interest Registry registry database. The data in this record is provided by Public Interest Registry for informational purposes only, and Public Interest Registry does not guarantee its accuracy. This service is intended only for query-based access. You agree that you will use this data only for lawful purposes and that, under no circumstances will you use this data to: (a) allow, enable, or otherwise support the transmission by e-mail, telephone, or facsimile of mass unsolicited, commercial advertising or solicitations to entities other than the data recipient's own existing customers; or (b) enable high volume, automated, electronic processes that send queries or data to the systems of Registry Operator, a Registrar, or Afilias except as reasonably necessary to register domain names or modify existing registrations. All rights reserved. Public Interest Registry reserves the right to modify these terms at any time. By submitting this query, you agree to abide by this policy.

  REFERRER http://www.pir.org/

  REGISTRAR Public Interest Registry

SERVERS

  SERVER org.whois-servers.net

  ARGS biostack.org

  PORT 43

  TYPE domain

DOMAIN

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  HANDLE D179020149-LROR

  CREATED 2015-12-31

STATUS
clientTransferProhibited https://icann.org/epp#clientTransferProhibited

NSERVER

  F1G1NS1.DNSPOD.NET 58.247.212.36

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